Pracodawca wybiera, które z dopuszczalnych u niego systemów czasu pracy chce stosować. Kodeks pracy przewiduje następujące systemy czasu pracy: podstawowy, równoważny i jego odmiany, system pracy w ruchu ciągłym, przerywanego czasu pracy, skróconego tygodnia pracy i pracy weekendowej, system zadaniowy i system ruchomego czasu pracy. Jest to katalog zamknięty. Pracodawca nie może więc tworzyć systemów nieprzewidzianych w przepisach.
Pracodawca nie może także łączyć różnych systemów czasu pracy. Każdy system ma bowiem własne specyficzne warunki, w których może być stosowany, oraz własne zasady, np. co do dopuszczalnego wymiaru czasu pracy czy długości okresu rozliczeniowego. A zatem łączenie systemów może zostać uznane za próbę obejścia przepisów np. o nadgodzinach.
Wyjątkowo można zatrudniać jednego pracownika w dwóch różnych systemach czasu pracy, których normalnie nie wolno łączyć, jeśli zawrze się z nim dwie odrębne umowy o pracę. Wówczas w każdej z nich można stosować inny system. Jest jednak warunek: obie te umowy muszą przewidywać różny rodzaj pracy (jak wynika np. z wyroku SN z 13 marca 1997 r., I PKN 43/97) – np. magazynier i kierowca.