Katalog sytuacji wymuszających wprowadzenie zmian do arkusza organizacji szkoły jest szeroki. Plan pracy szkoły nie powinien się jednak zmieniać, dlatego niekiedy dyrektor szkoły musi zmodyfikować zatwierdzony już arkusz. Decyzje, jakie podejmie dyrektor szkoły mogą wynikać z innych niż oczekiwano wyników rekrutacji lub konieczności uzupełnienia wakatów. Arkusz organizacji szkoły może być więc zmieniony zarówno przed 1 września, jak również w trakcie roku szkolnego. Celem zmian jest dążenie do zrealizowania planu pracy szkoły.
Zmiany do arkusza organizacji szkoły dyrektor szkoły wprowadza aneksem
Zatwierdzony arkusz organizacji szkoły może zostać zmieniony za pomocą aneksu, który zostanie przedłożony do zaopiniowania i zatwierdzenia organowi prowadzącemu szkołę. W aneksie dyrektor szkoły wskazuje zmiany, jakim ulec ma arkusz organizacji szkoły oraz uzasadnia, jak wpływają one na plan pracy szkoły. Aneks zmieniający arkusz organizacji szkoły powinien zawierać też załączniki wskazujące na regulacje prawne pozwalające wprowadzić modyfikacje. Szczegółowe wytyczne dotyczące formy oraz składników aneksu zmieniającego arkusz organizacji szkoły określa organ prowadzący szkołę.
