Przed negatywnymi skutkami kontroli podatkowej w firmie przedsiębiorca może się bronić nie tylko podczas jej trwania, ale także po jej zakończeniu. Dokumentem świadczącym o tym, że kontrola się zakończyła, jest sporządzony protokół dokumentujący jej przebieg. Kontrola zostaje bowiem zakończona w dniu doręczenia takiego protokołu (art. 291 § 4 Ordynacji podatkowej). Sporządza się go w dwóch jednobrzmiących egzemplarzach, z których jeden doręczany jest kontrolowanemu.
Przedsiębiorca nie musi się zgadzać z ustaleniami zawartymi w protokole. Kwestionowanie tych ustaleń powinno się jednak odbywać na zasadach i w terminie przewidzianych w tym zakresie przez obowiązujące przepisy. W tym celu należy w ciągu 14 dni od doręczenia protokołu złożyć do organu podatkowego zastrzeżenia lub wyjaśnienia. Jednocześnie na poparcie swoich twierdzeń kontrolowany powinien przedłożyć wnioski dowodowe (art. 291 § 1 Ordynacji podatkowej). Przy czym przepisy podatkowe nie zawierają żadnych szczególnych wymagań, odnośnie do formy, w jakiej wyjaśnienia bądź zastrzeżenia do protokołu kontroli podatkowej należy sporządzić. Pismo w tej sprawie powinno więc czynić zadość ogólnym zasadom dotyczącym sporządzania pism procesowych. Wspomniany 14-dniowy termin do złożenia zastrzeżeń lub wyjaśnień do protokołu jest terminem materialnym, który nie podlega przywróceniu. Potwierdził to m.in. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Krakowie w wyroku z 9 lutego 2007 r. (I SA/Kr 923/05).