W przypadku, gdy nabywcą nowego samochodu jest podmiot zarejestrowany, jako podatnik VAT czynny, wówczas podatek należny z tytułu tej transakcji (czyli podatek „do zapłaty”) powinien być rozliczony w deklaracji podatkowej składanej za okres w którym doszło do powstania obowiązku podatkowego (najczęściej będzie to składana miesięcznie deklaracja VAT-7).
Podatnik VAT przedstawia naczelnikowi urzędu skarbowego na formularzu VAT-23 informację o nabytym środku transportu wraz z załączoną kopią faktury potwierdzającą nabycie samochodu. Deklaracja ta (z kopią faktury i dowodem zapłaty) są podstawą do wydania zaświadczenia potwierdzającego uiszczenie podatku z tytułu wewnątrzwspólnotowego nabycia nowego środka transportu.
Zaświadczenie to wydaje się z urzędu i jest ono podstawą rejestracji samochodu w urzędzie komunikacji. Dodatkowo przedsiębiorcy będący podatnikami VAT czynnymi wykazują kwotę podatku należnego od wewnątrzwspólnotowego nabycia nowych środków transportu (oraz innych środków transportu) w deklaracji VAT w rubryce dotyczącej wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów. Jednocześnie mają prawo do odliczenia zapłaconego VAT.
Podatek od wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów jest zarówno podatkiem należnym jak i naliczonym. Podatnicy VAT czynni kupujący w UE nowy samochód, mają obowiązek wpłacenia należnego VAT w terminie 14 dni od dnia postania obowiązku podatkowego.