Spółka kupuje produkty rolne od rolników ryczałtowych i wystawia faktury na te transakcje. Strony określają na fakturze pond dwu miesięczny termin płatności. Niektórzy sprzedawcy mają terminy płatności ustalone na 65 dni, a inni na 70 lub 35 dni.
Podatnik spytał organ podatkowy, czy może podwyższyć podatek naliczony o zryczałtowany zwrotu podatku w miesiącu zapłaty pomimo tego, że następuje ona po terminie umówionym z rolnikiem ryczałtowym. W ocenie spółki może to zrobić, gdyż prawidłowa wykładnia przepisów ustawy o VAT musi respektować zasady neutralności i proporcjonalności VAT. Zdaniem spółki istotą uregulowania zasad podwyższania podatku naliczonego o zryczałtowany zwrot nie jest dyscyplinowanie podatników do regularnego płacenia rolnikom ryczałtowym za dostawę produktów rolnych. Jest nim natomiast ograniczenie możliwości przeprowadzania fikcyjnych transakcji w celu obniżenia podatku należnego lub wyłudzenia zwrotu.
Dlatego też wystarczającą przesłanką do uzyskania prawa do odliczenia zryczałtowanego zwrotu podatku, powinien być sam fakt zapłaty. Prawo to może być odroczone do momentu zapłaty należności rolnikowi. Nie ma natomiast podstaw, aby uzależniać je od zapłaty w umówionym terminie. Ustawodawca przewidział możliwość pozbawienia podatnika prawa do odliczenia podatku, w przypadku braku zapłaty w ciągu 14 dni od dostawy produktów rolnych przez rolnika ryczałtowego. Dzieje się tak, o ile strony nie uzgodniły umownie innego terminu. Warunek ten nie dotyczy jednak naruszenia umówionego z rolnikiem terminu zapłaty.