Konieczność ponoszenia opłaty środowiskowej przez firmy transportowe wynika z faktu, że przedsiębiorcy posiadają pojazdy samochodowe oraz różnego rodzaju maszyny napędzane silnikami spalinowymi, które emitują do atmosfery pyły i gazy. Ponadto firmy transportowe używają ogrzewania kotłami CO, co także nakłada na nich konieczność wnoszenia opłaty środowiskowej.
Obowiązek ponoszenia opłaty środowiskowej wnosi dla przedsiębiorców także pobór wody z własnych ujęć, np. ze studni powierzchniowych czy podziemnych. Inne przyczyny z powodu których należy ponosić opłatę środowiskową, to fakt odprowadzania przez firmę do wód bądź do ziemi: wód opadowych, wód roztopowych, wód zasolonych bądź wód zawierających czynnik chłodniczy. Obowiązkiem takim objęte są także podmioty gospodarcze składujące odpady.
Jeśli chodzi o firmy transportowe, obowiązek ponoszenia opłaty środowiskowej powstaje w przypadku pojazdu będącego w ewidencji majątku firmy, który np. jest wzięty w leasing i podlega amortyzacji oraz jest tankowany na fakturę. Z obowiązku ponoszenia tej opłaty są natomiast zwolnieni przedsiębiorcy transportowi, którzy rozliczają się za pomocą ryczałtu i w celach zarobkowych używają swojego prywatnego, a nie firmowego pojazdu.