Jeżeli mamy do czynienia z nabyciem obligacji na rynku pierwotnym z myślą o długoterminowej inwestycji i późniejszym ich wykupie przez emitenta w określonym terminie, to procedura jest dosyć prosta. Dochodzi wówczas do opodatkowania na zasadach już wymienionych wcześniej – nabywca płaci więc 19-proc. podatek od kwoty wynikającej z dyskonta (np. od 5 zł - jeżeli kupował na rynku pierwotnym obligacje po 95 zł przy nominale 100 zł - i kwoty naliczonych odsetek).
Nieco inaczej wygląda sytuacja, jeżeli dochodzi do aktywnego handlu obligacjami na rynku wtórnym. Wówczas podatek od odsetek płaci osoba, która otrzymuje je od emitenta. Ale cena rozliczeniowa papierów zawiera odsetki należne proporcjonalnie do upływu okresu odsetkowego. Co to oznacza w praktyce?
Przede wszystkim z punktu widzenia nabywcy, nie opłaca się kupować obligacji pod koniec okresu odsetkowego. Zdecydowanie lepiej zrobić to na początku takiego właśnie okresu – np. na początku lub w połowie roku, jeżeli mamy do czynienia z półrocznymi okresami wypłaty. Prześledźmy to na przykładzie, który zobrazuje cały mechanizm rozliczeń.
Zakładamy, że sprzedaż obligacji następuje pod koniec października. Tymczasem wypłata odsetek przez emitenta ma nastąpić dwa miesiące później, czyli na koniec grudnia. Już po zawarciu transakcji sprzedający uzyska odsetki za okres od stycznia do października (w ramach ceny rozliczeniowej transakcji). Jednak to nie emitent wypłaci odsetki (jego zobowiązanie jest wymagalne dopiero na koniec grudnia), a nabywca papierów.