W związku z koniecznością opodatkowania VAT transakcji wywłaszczenia nieruchomości w zamian za odszkodowanie, istotną kwestią jest określenie jej podstawy. Zdarza się, bowiem, że wywłaszczane jednostki samorządowe uważają, że kwota tego odszkodowania jest ceną netto będącą podstawą opodatkowania. W związku, z czym należy do niej doliczyć VAT.
Takie rozumienie wynika z tego, że wysokość rekompensaty wypłacanej w trybie przepisów ustawy o inwestycjach drogowych, ustalana jest w oparciu o przepisy ustawy o gospodarce nieruchomościami i wydanego na ich podstawie rozporządzenia w sprawie wyceny nieruchomości i sporządzania operatu szacunkowego. Stąd też wielkość tego odszkodowania określona jest na poziomie cen rynkowych nieruchomości, jakie występują w obrocie w przypadkach transakcji dokonywanych w ramach swobodnej sprzedaży.
