Wydając świadectwo pochodzenia energii, prezes URE jest jednak zobowiązany do wcześniejszego potwierdzenia u operatora systemu dystrybucji lub przesyłu, że na jego obszarze znajduje się dane źródło i mają miejsce faktyczne dostawy nośników do systemu elektroenergetycznego.
Zgodnie z przepisami szef urzędu może wydawać cztery rodzaje świadectw pochodzenia.
W pierwszym przypadku są to świadectwa dla energii, która pochodzi ze źródeł odnawialnych. Kolejne dotyczą energii wyprodukowanej w procesie kogeneracji opalanej paliwami gazowymi lub o łącznej zainstalowanej mocy elektrycznej do 1 MW.
Trzeci rodzaj stanowią świadectwa dla nośników wyprodukowanych z kogeneracji opalanej metanem lub gazem, który jest uzyskiwany z przetworzenia biomasy. I w końcu ostatni rodzaj to dokument pochodzenia dla energii elektrycznej, która powstaje w pozostałych przedsiębiorstwach również korzystających z procesu kogeneracji.
Ze świadectw pochodzenia energii wynikają określone prawa majątkowe. Powstają one w momencie zapisania danego świadectwa na rachunku ewidencyjnym wytwórcy w Rejestrze Świadectw Pochodzenia.