Jednym z głównych zadań KDPW jest rozliczanie i rozrachunek transakcji zawartych na publicznym rynku papierów wartościowych. Chodzi m.in. o dokonywanie krajowych i zagranicznych transferów papierów pomiędzy kontami depozytowymi uczestników rynku oraz realizowanie przelewów pieniężnych pomiędzy rachunkami uczestników w banku rozliczeniowym.
Ponadto spółka rejestruje i przechowuje określone instrumenty, które podlegają dematerializacji. W uproszczeniu polega to na tym, że KDPW prowadzi konta depozytowo-rozliczeniowe, a na tych kontach zapisywane są papiery wartościowe.
Kolejna funkcja Depozytu to realizacja zobowiązań wobec emitentów papierów wartościowych. W tym przypadku mamy do czynienia z pośrednictwem między emitentami a właścicielami papierów wartościowych np. w wypłacie dywidendy (w przypadku akcji), ale też w procesie łączenia papierów czy ich podziału oraz realizacji praw poboru.
Krajowy Depozyt Papierów Wartościowych jest też odpowiedzialny za zarządzanie Funduszem Rozliczeniowym. Ten ostatni – tworzony z wpłat uczestników – ma zapewnić wykonanie rozliczeń w przypadku, gdyby jednemu z uczestników zabrakło środków na ten cel.
Istotnym elementem działania spółki jest zarządzanie obowiązkowym Systemem Rekompensat (system został utworzony w celu gwarantowania środków pieniężnych i papierów wartościowych, znajdujących się na rachunkach inwestycyjnych w przypadku upadłości domów maklerskich i banków prowadzących rachunki papierów wartościowych).
Depozyt wykonuje także zadania związane z obsługą systemu ubezpieczeń społecznych. Skupia się przede wszystkim na sprawnej obsłudze wypłat transferowych pomiędzy otwartymi funduszami emerytalnymi.
