W większości przypadków, wpisy w rejestrze dłużników niewypłacalnych wykreślane są z urzędu, czyli dokonuje tego sam sąd rejestrowy w razie zaistnienia określonych zdarzeń. Zgodnie z art. 59 ust. 1 ustawy o KRS sąd rejestrowy z urzędu wykreśla wpisy z rejestru dłużników niewypłacalnych w razie uchylenia lub zmiany postanowienia sądu, na którego podstawie wpisy były dokonane. Przykładowo, takim postanowieniem może być postanowienie sądu zmuszające dłużnika do wyjawienia majątku w trybie postępowania egzekucyjnego, okoliczność ta zgodnie z art. 55 pkt 3 ustawy o KRS podlega wpisaniu do rejestru dłużników niewypłacalnych. Jeśli postanowienie zostanie uchylone, wówczas będzie to podstawa do wykreślenia z rejestru dłużników niewypłacalnych. Ponadto, sąd rejestrowy z urzędu dokonuje wykreślenia wpisów, gdy uchylono orzeczenie o ogłoszeniu upadłości.
Z kolei, sąd rejestrowy dokonuje wykreślenia wpisu dłużnika na wniosek osoby wpisanej do rejestru dłużników niewypłacalnych, gdy tytuł wykonawczy ,który stanowił podstawę wpisu, został prawomocnym orzeczeniem sądu pozbawiony wykonalności. Pozbawienie tytułu wykonawczego wykonalności następuje na podstawie przepisów kodeksu postępowania cywilnego o egzekucji, w drodze powództwa przeciw egzekucyjnego (art. 840 - 843 kodeksu postępowania cywilnego).