Położony na południowym krańcu wyspy port założyli około 3200 r. p.n.e. Minojczycy, którzy przybyli na te tereny z Krety. Dogodne położenie strategiczne oraz żyzne, rolnicze tereny sprawiły, że w drugim tysiącleciu p.n.e. gród przeżywał swój złoty okres, stając się jednym z ważniejszych ośrodków handlowych i kulturowych cywilizacji minojskiej.
Katastrofa nastąpiła około 1500 r. p.n.e., wraz z wybuchem wulkanu, który totalnie zniszczył miasto, przykrywając je 20-metrowym pokładem lawy, popiołu, bazaltów i pumeksu. Na szczęście przezorni mieszkańcy Akrotíri, których ostrzegła seria wcześniejszych, niewielkich trzęsień ziemi, zdążyli uciec z miasta. Nie wiadomo czy znaleźli oni schronienie w jakimś innym miejscu na wyspie, czy też wydostali się z niej na statkach. Fakt faktem - na Santoríni nie znaleziono żadnych zwęglonych ciał.
Wspaniale zachowały się za to domy mieszkalne, budynki sakralne, okazała agora oraz interesujące przedmioty codziennego użytku, zwłaszcza te związane z rytualnymi obrządkami religijnymi: rhytony do picia wina, kolorowe amfory i urny, a także stoły ofiarne o wydłużonym kształcie.
Największy podziw budzą jednak piękne freski, które zdobiły nie tylko ściany budowli sakralnych, ale również zwykłych domów mieszkalnych. Ich tematyka bardzo pomogła archeologom w identyfikacji poszczególnych pomieszczeń i ustaleniu ich przeznaczenia. Wielokrotnie pojawiającym się motywem są morskie zwierzęta (zwłaszcza delfiny) oraz kwiaty krokusów.
