Bazylika św. Franciszka
Zwiedzanie zacznijmy oczywiście od wzniesionej na Wzgórzu Rajskim Bazyliki św. Franciszka. Jej budowę rozpoczęto w 1228 roku, dzień po kanonizacji Franciszka. Warto obejrzeć zdobiące bazylikę freski autorstwa Lorenzettiego, Cimabuego i Simone Martiniego – malarzy włoskich. W nawie głównej, choć częściowo zniszczone, przedstawiają sceny z życia św. Franciszka oraz sceny Męki Chrystusa.
W bazylice mieści się także wiele kaplic: kaplica św. Marcina, św. Stanisława Szczepanowskiego, św. Mikołaja z Bari, św. Jana Chrzciciela, św. Szczepana i św. Antoniego. W jednej z nich znajdziemy pamiątki po św. Franciszku. Należą do nich m.in. habit z kapturem świętego oraz autograf błogosławieństwa dla brata Leona. W bazylice znajduje się także sam grób świętego.
Katedra św. Rufina
XII-wieczna romańska katedra św. Rufina jest natomiast miejscem, gdzie św. Franciszek po raz pierwszy wygłosił kazanie. Przy głównym wejściu do katedry znajdują się figury św. Klary i św. Franciszka. Idąc dalej możemy obserwować lewy portal, przedstawiający dwa lwy, prawy - dwa ptaki. W środkowym zaś mieści się płaskorzeźba, przedstawiająca scenę z tronującym Chrystusem i Matką Bożą pielęgnującą św. Rufina. W głównym ołtarzu pochowany jest patron kościoła - św. Rufin. W tej sakralnej budowli zachowała się także chrzcielnica, w której został ochrzczony św. Franciszek.
Do katedry przylega zdobiona freskami barokowa Kaplica Najświętszego Sakramentu, a obok niej mieści się dzwonnica z zegarem.