Obecnie podatnik dokonując wpłaty wskazuje zobowiązanie na poczet którego ją wniósł, a jego decyzja jest dla organu podatkowego wiążąca. Po wprowadzeniu zmian podatnik nie będzie miał już do tego prawa, a wpłata będzie zaliczana na poczet zobowiązania (podatku) o najwcześniejszym terminie płatności. Wyjątek stanowią wpłaty dokonywane tytułem rat, na jakie rozłożono podatek lub zaległość podatkową. Będą one tak jak obecnie zaliczane na poczet określonej przez podatnika raty lub w przypadku barku takiego sprecyzowania, tytułem raty o najwcześniejszym terminie płatności.
W przypadku naruszenia przepisów o właściwości miejscowej organu podatkowego, decyzja ostateczna na podstawie art. 247 Ordynacji podatkowej staje się nieważna. Zazwyczaj konsekwencją takiej nieważności jest konieczność ponownego przeprowadzenia postępowania podatkowego i wydania decyzji przez właściwy miejscowo organ podatkowy. Wiąże się to z dodatkowymi kosztami, a często również z niemożliwością prowadzenia postępowania z powodu upływu terminu przedawnienia.