W 1993 r. podczas wojny bośniackiej celowo zniszczyła go chorwacka armia. Zawieszenie broni podpisano w Mostarze w 1994 r. Wojna zakończyła się w 1995 r. a most jeszcze przez kilka lat pozostawał zniszczony. Uroczyste otwarcie odbudowanego mostu odbyło się w 2004 r. Rok później most wraz ze starówką Mostaru wpisano na listę światowego dziedzictwa kulturowego UNESCO.
Dzisiaj życie tego miasta skupia się wokół mostu. Tam znajduje się większość knajpek, w których można skosztować dań będących mieszaniną wpływów różnych kultur. W Mostarze mieszka niewiele ponad 100 tys. mieszkańców. Zamieszkują go głównie Chorwaci i Bośniacy.
