Przekazywanie danych do bazy SIO wymaga posiadania upoważnienia wydanego przez uprawnione organy. Dyrektor szkoły uzyskuje od wójta gminy, burmistrza lub prezydenta miasta, starosty powiatów i marszałków wojewódzkich upoważnienie dające dostęp do bazy danych SIO, dzięki czemu dysponuje możliwością pozyskiwania wymaganych informacji z bazy SIO oraz ze zbioru danych PESEL.
W celu uzyskania upoważnienia dyrektor szkoły musi złożyć wniosek zawierający imiona, nazwisko, nr PESEL, nr telefonu i adres e-mail oraz zajmowane stanowisko. Wniosek składa się drogą elektroniczną, jednak udzielone upoważnienie musi mieć formę pisemną, w innym przypadku uznane zostaje za nieważne. Upoważnienie jest wydawane na okres w jakim dyrektor będzie zajmował stanowisko, jednak nie dłużej niż na pięć lat.
Przekazanie danych do SIO z bazy lokalnej jest traktowane jako potwierdzenie zgodności tych danych ze stanem faktycznym oraz dokumentacją szkoły. Dyrektor szkoły ma 7 dni na wprowadzenie nowych danych od dnia ich pozyskania – w przypadku niedotrzymania tego terminu grozi mu kara grzywny.
Dyrektor ma obowiązek zadbać o bezpieczeństwo danych zgromadzonych w bazie SIO, także z uwzględnieniem wymogów technicznych. W przypadku nieuprawnionego dostępu do bazy SIO – dyrektor szkoły ma obowiązek niezwłocznego przekazania takiej informacji do bazy SIO. W szczególności dotyczy to nielegalnego pozyskania danych, zniszczenia i utraty danych lub wykorzystania ich w sposób nieuprawniony.