Czas trwania wszystkich kontroli u przedsiębiorcy w jednym roku kalendarzowym nie może przekraczać w odniesieniu do:
- mikroprzedsiębiorcą - kontrola nie będzie mogła przekroczyć 12 dni roboczych,
- małym przedsiębiorcą - kontrola nie będzie mogła przekroczyć 18 dni roboczych,
- średnią firmą - kontrola nie może przekroczyć 24 dni roboczych,
- w pozostałych firmach - kontrola nie może przekroczyć 48 dni roboczych.
Przedłużenie czasu trwania kontroli jest możliwe, gdy w jej trakcie ujawnione zostanie zaniżenie zobowiązania podatkowego lub zawyżenie straty w wysokości przekraczającej 10% kwoty zadeklarowanego zobowiązania lub straty bądź, gdy podatnik nie złożył deklaracji. Kontrolerzy będą musieli w takich przypadkach zawiadomić przedsiębiorcę o wykryciu tych nieprawidłowości i wskazać zgromadzony w tym zakresie materiał dowodowy. Czas trwania kontroli nie będzie jednak mógł przekroczyć dwukrotności limitu określonego dla danego przedsiębiorcy.
Przedłużenie czasu trwania kontroli powinno być uzasadnione na piśmie, a uzasadnienie doręczone przedsiębiorcy i wpisane do książki kontroli przed podjęciem dalszych czynności kontrolnych. Przedłużenie czasu trwania kontroli jest możliwe jedynie w odniesieniu do czasu trwania kontroli wyznaczonego w upoważnieniu. Naruszenie przepisów o czasie trwania kontroli daje przedsiębiorcy podstawę do wniesienia sprzeciwu wobec podjęcia i wykonywania przez organy kontroli czynności z naruszeniem prawa.