Podatnicy zobowiązani do prowadzenia ksiąg podatkowych przechowują je i związane z ich prowadzeniem dokumenty do czasu upływu okresu przedawnienia zobowiązania podatkowego. Nie zawsze jednak podatnicy właściwie interpretują przepisy Ordynacji podatkowej, w kwestii identyfikowania rodzajów dokumentów, które należy przechowywać przez zgodny z ustawą okres.
Przez księgi podatkowe należy rozumieć m.in. podatkową księgę przychodów i rozchodów, ewidencje oraz rejestry, do których prowadzenia, do celów podatkowych, na podstawie odrębnych przepisów, zobowiązani są podatnicy.
Okres przedawnienia zobowiązania podatkowego następuje po 5 latach, licząc od końca roku kalendarzowego, w którym upłynął termin płatności podatku na podstawie art. 70 § 1 Ordynacji podatkowej. Termin płatności podatku dochodowego od osób fizycznych za 2013 rok upłynie 30 kwietnia 2014 r., więc podstawowy (obowiązkowy) pięcioletni okres przechowywania księgi za 2013 rok biegnie od końca 2019 roku. Księgę podatkową za 2013 rok należy zatem przechowywać co najmniej do końca 2019 roku.