W zakresie, w jakim towary i usługi są wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych, podatnikowi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego.
Prawo od odliczenia VAT z tytułu nabycia towarów przysługuje, jeśli będą one wykorzystane do sprzedaży podlegającej opodatkowaniu. Jeśli zaś nie będą wykorzystane, to prawo nie będzie przysługiwało. Na skutek orzecznictwa Trybunału Sprawiedliwości UE zasada ta doznaje modyfikacji, gdy towar nie jest wykorzystywany w czynnościach podlegających opodatkowaniu bez winy podatnika. W takim przypadku podatnik, który chciał towar wykorzystać do czynności opodatkowanych, ale nie mógł z powodu przyczyn od siebie niezależnych może odliczyć VAT.
Pracownik pokrywa niedobory, ale podatnik nie odlicza VAT
W przypadku niedoborów uznaje się, że prawo do odliczenia VAT przysługuje jedynie przy niedoborach niezawinionych, do których zalicza się niedobory powstałe z winy pracowników.