Najistotniejszym warunkiem umożliwiającym podatnikowi podatku od towarów i usług skorzystanie z prawa do odliczenia VAT jest związek zakupów z wykonywanymi czynnościami opodatkowanymi. Przy czym prawo do odliczenia podatku naliczonego przysługuje zarówno w przypadku, gdy związek pomiędzy podatkiem naliczonym a wykonywanymi czynnościami opodatkowanymi ma charakter bezpośredni jak i pośredni. Konstrukcja trybu rozliczania podatku naliczonego przewiduje, iż okresem rozliczeniowym w podatku od towarów i usług jest okres jednego miesiąca (ewentualnie jednego kwartału). Podatnik dokonując zatem w danym okresie rozliczeniowym zakupów, przy założeniu, że służą (mają służyć) prowadzonej przez niego działalności opodatkowanej, nabywa jednocześnie prawo do odliczenia kwoty VAT wynikającej z otrzymanej faktury.
Dlatego też w przypadku gdy podatnik dokonuje prac inwestycyjnych, których efektem ma być środek trwały związany z jego działalnością opodatkowaną, nie ma podstaw, aby obecne nakłady w zakresie realizacji prawa do odliczenia traktować inaczej niż nakłady na nabycie gotowego środka trwałego. Przysługuje zatem na bieżąco uprawnienie do odliczania podatku naliczonego wynikającego z faktur VAT dokumentujących wydatki inwestycyjne.
Takie stanowisko potwierdził Dyrektor Izby Skarbowej w Bydgoszczy, w piśmie z 19 listopada 2008 r., nr ITPP2/443-751/08/MD, gdzie czytamy:
„(…)Z przedstawionego we wniosku opisu zdarzenia przyszłego wynika, że Wnioskodawca zamierza zrealizować remont i modernizację użytkowanego budynku. Wnioskodawca to jednostka, która prowadzi zarówno działalność zwolnioną od podatku od towarów i usług, jak również świadczy usługi opodatkowane tym podatkiem. W związku z powyższym powzięto wątpliwość co do możliwości skorzystania z prawa do odliczenia podatku naliczonego związanego z nabywaniem usług, mających służyć realizacji planowanej inwestycji. Jak podkreślono we wniosku, wyremontowany i zmodernizowany budynek będzie służył prowadzonej działalności gospodarczej, którą stanowią m. in. czynności opodatkowane podatkiem od towarów i usług.
Zatem, mając na uwadze przedstawione we wniosku istotne elementy opisu zdarzenia przyszłego oraz wyżej wskazane regulacje z zakresu podatku od towarów i usług, należy potwierdzić stanowisko wnioskodawcy, co do zasadności odliczenia podatku naliczonego związanego z planowaną inwestycją, której efekt będzie wykorzystywany do wykonywania m. in. czynności opodatkowanych. Dokonując tego odliczenia Wnioskodawca powinien uwzględnić zapisy art. 90 ustawy (…)”.