Duplikat faktury zastępuje jej oryginał. Dlatego obowiązują w tym przypadku takie same zasady odliczeń jak w przypadku faktury "normalnej". Pojęcie "faktury" należy bowiem rozumieć szeroko. W związku z tym za faktury, które dają podstawę do odliczenia VAT, należy uznać obok faktur VAT w ścisłym znaczeniu (tzw. pierwotnych) także faktury korygujące, duplikaty faktur oraz inne dokumenty traktowane na równi z fakturami. Dlatego duplikat faktury ma moc prawną równą fakturze pierwotnej, stanowiąc na równi z nią podstawę do odliczenia podatku naliczonego.
W sytuacji kiedy podatnik zdążył w ustawowym terminie odliczyć podatek z oryginału faktury VAT, zanim zaginęła bądź uległa zniszczeniu, otrzymany duplikat faktury uważa się za dokument potwierdzający uprawnienie do już dokonanego odliczenia podatku. Przyjmuje się, iż wówczas nie ma obowiązku korekty VAT podatku naliczonego za okres, w którym odliczono go z faktury oryginalnej i wykazania go w okresie rozliczeniowym właściwym dla duplikatu.
Z kolei w przypadku gdy oryginał faktury nigdy nie dotarł do nabywcy i tym samym nie została ona zaksięgowana, do wystawionego duplikatu możemy zastosować ogólne zasady dotyczące rozliczania VAT, zgodnie z którymi podatnik ma prawo do odliczenia podatku VAT w rozliczeniu za okres, w którym otrzymał fakturę lub w rozliczeniu za okres następny, przy czym możliwość traktowania duplikatu tak jak faktury pierwotnej wynika z nadania pojęciu faktura szerszego znaczenia, obejmującego swym zakresem również faktury korygujące oraz duplikaty tych faktur. Zatem stwierdzić należy, iż prawo do odliczenia VAT przysługuje w okresie rozliczeniowym, w którym podatnik otrzymał duplikat faktury lub w miesiącu następnym.
Gdy jest to faktura za media, możemy odliczyć VAT z duplikatu, kiedy przypada termin płatności lub w miesiącu następnym, jeśli faktura zawiera informację, jakiego okresu rozliczeniowego dotyczy. Jeśli takiej informacji nie ma, będzie to miesiąc otrzymania duplikatu albo miesiąc następny. Gdy minął już termin płatności wskazany na duplikacie, podatnik jest zobowiązany skorygować deklarację za okres, w którym przypadał ten termin, lub za jeden z dwóch następnych okresów rozliczeniowych.
