Naczelny Sąd Administracyjny (NSA), w wyroku z 5 lipca 2012 r. (sygn. akt I FSK 1367/11) stwierdził, że zaświadczenie VAT-25 jest zaświadczeniem wiążącym, ponieważ wywołuje skutki prawne dla podmiotów podatkowych, podobnie jak indywidualna interpretacja podatkowa. Tym samym dokument ten potwierdza uiszczenie podatku VAT lub brak takiego obowiązku.
Zaświadczenie VAT-25 wydawane jest przez organ podatkowy (na podst. art. 105 ustawy o VAT).
Przykład:
Spółka sprowadziła do Polski używane samochody z krajów Unii Europejskiej. Aby je zarejestrować, wystąpiła do urzędu skarbowego o wydanie zaświadczenia VAT-25. Do wniosku dołączyła faktury zakupowe, na których nie był przekreślony zwrot „faktura VAT marża”.
Urząd skarbowy wydał spółce zaświadczenie VAT-25, bez przeprowadzenia postępowania wyjaśniającego. Tym samym potwierdził brak konieczności zapłaty podatku z tytułu przywozu nabywanych pojazdów z UE.
Po pewnym czasie urzędnicy skarbówki przyszli so spółki na kontrolę. Uznali, że spółka nie kupiła samochodów z UE w systemie „VAT marża”, ale w ramach wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów. Dlatego też zdecydowali, że firma powinna była odprowadzić VAT od tej transakcji w Polsce.