W sytuacji gdy podatnik korzysta z jednorazowej amortyzacji może zgłosić ten fakt w urzędzie skarbowym, aby uzyskać zaświadczenia o pomocy de minimis. Jednak dokonanie zgłoszenia nie jest obowiązkiem. W przypadku, gdy podatnik nie zgłosi we właściwym urzędzie skarbowym faktu skorzystania z jednorazowej amortyzacji, a skorzysta z pomocy de minimis udzielonej przez inny organ, może dojść do sytuacji, w której zostanie przekroczony limit pomocy de minimis. Tak udzielona pomoc byłaby pomocą udzieloną bezprawnie, a w konsekwencji podlegałaby zwrotowi wraz z odsetkami.
Również organy podatkowe potwierdzają, iż na podatniku nie ciąży obowiązek posiadania zaświadczenia o skorzystania z pomocy de minimis. Stanowisko takie potwierdził Dyrektor Izby Skarbowej w Warszawie, w piśmie nr IPPB1/415-713/08-5/JK, z 8 sierpnia 2008 r., w którym czytamy:
"(...) zaświadczenie stwierdzające, że udzielona pomoc publiczna jest pomocą de minimis, ułatwia podatnikom kontrolowanie wysokości otrzymanej pomocy publicznej.
Reasumując, mając na uwadze powyższe należy stwierdzić, iż fakt braku posiadania zaświadczenia o udzielonej pomocy de minimis wydawanego przez organ podatkowy nie może przesądzać o braku możliwości zaliczenia jednorazowej amortyzacji środków trwałych do kosztów uzyskania przychodów, jeżeli podatnik spełnił wszystkie warunki określone w art. 22k ust. 7-11 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych (...)".
