Projekt zakłada likwidację Funduszu Kościelnego stworzonego w 1950 r., który jest zasilany z budżetu. Zostanie on zastąpiony 0,5% odpis podatkowym. Przekazywanie odpisu będzie przebiegać podobnie, jak przy odpisach podatkowych przekazywanych rzecz dla organizacji pożytku publicznego. Podatnik sam będzie decydował komu go przekazać. Wystarczy wpisać w zeznaniu rocznym - NIP Kościoła czy związku wyznaniowego.
Projekt przewiduje dodatkowe udogodnienia dla emerytów - osoby te nie będą musiały same składać zeznań podatkowych. Decyzję, o tym, komu przekazać odpis, emeryci przekażą ZUS-owi. W ciągu pierwszych trzech lat działania mechanizmu ustawa gwarantuje Kościołom i związkom wyznaniowym uzupełnienie wpływów z budżetu, gdyby odpisy podatkowe okazały się na początku niższe niż obecny poziom finansowania z Funduszu.
Jak zapowiedział minister Boni - mechanizm odpisu podatkowego wejdzie w życie dopiero po tym, jak z Polski zostanie zdjęta procedura nadmiernego deficytu, nałożona przez Komisję Europejską. Odpis podatkowy uszczupla bowiem dochody państwa – dodał.