Prawo do odliczenia VAT z duplikatu faktury zależy od powodu jej wystawienia

Pierwsze ma zastosowanie, jeżeli egzemplarz faktury przeznaczony dla nabywcy ulegnie zniszczeniu lub zaginie, zanim zostanie otrzymany przez nabywcę. W takich przypadkach otrzymanie duplikatu wywołuje takie same skutki, jak otrzymanie faktury pierwotnej. Najczęściej więc skutkuje powstaniem prawa do odliczenia (zgodnie z art. 86 ust. 10b pkt 1 ustawy o VAT). A zatem w takich sytuacjach odliczenie jest możliwe najczęściej w okresie rozliczeniowym otrzymania duplikatu (zob. interpretację indywidualną dyrektora Izby Skarbowej w Warszawie, nr IPPP1/443-1082/14-2/JŻ).

Drugi ze scenariuszy ma zastosowanie, jeżeli egzemplarz faktury przeznaczony dla nabywcy ulega zniszczeniu lub zaginie po otrzymaniu przez nabywcę. Wówczas otrzymanie duplikatu nie wpływa na okres rozliczeniowy powstania prawa do odliczenia. Jest nim nadal okres otrzymania przez nabywcę pierwotnego egzemplarza faktury (odpowiednie zastosowanie mają w tym zakresie wyjaśnienia organów podatkowych wydawane na gruncie przepisów obowiązujących do końca 2013 roku – np. interpretacja indywidualna dyrektora Izby Skarbowej w Poznaniu z  23 kwietnia 2010 r., nrILPP2/443-222/10-2/AK).

W takich przypadkach z prawa do odliczenia podatnicy najczęściej mogą korzystać w drodze korekty deklaracji VAT złożonej za okres rozliczeniowy otrzymania egzemplarza faktury, który uległ zniszczeniu lub zaginął.

Z interpretacji indywidualnej dyrektora Izby Skarbowej w Katowicach z 20 kwietnia 2015 r., nr IBPP2/4512-35/15/ICz wynika, że drugi ze wskazanych wariantów ma zastosowanie również w przypadkach, gdy treść pierwotnie otrzymanych egzemplarzy jest przez nabywcę kwestionowana i bez księgowania odsyłana sprzedawcy.

Jest to stanowisko prawidłowe, gdyż nie ma powodu, aby ze względu na takie okoliczności inaczej traktować zniszczenie lub zaginięcie faktury po otrzymaniu przez nabywcę (na podstawie art. 86 ust. 13 ustawy o VAT). Pamiętajmy jednak, że w wyjaśnieniach organów podatkowych można się również spotkać ze stanowiskiem odmiennym. Jako przykład można wskazać interpretację indywidualną dyrektora Izby Skarbowej w Katowicach z 10 stycznia 2013 r. (nr IBPP1/443-1032/12/AL). Organ podatkowy wyjaśnił w niej, że  skoro podatnik nie ujął w rejestrach VAT faktury VAT, tylko odesłał ją wystawcy bez odliczania VAT naliczonego w tej fakturze, to ma prawo pomniejszyć podatek należny w okresie rozliczeniowym, w którym otrzymał duplikat faktury VAT, lub może to zrobić za jeden z dwóch następnych okresów rozliczeniowych. Nadużyciem byłoby zatem stwierdzenie, że stanowisko zaprezentowane w komentowanej interpretacji jest przez organy podatkowe reprezentowane jednolicie.