Podstawa opodatkowania w szczególności obejmuje koszty dodatkowe, takie jak prowizje, koszty opakowania, transportu i ubezpieczenia. Nie wchodzą do niej natomiast udzielone nabywcy upusty i obniżki cen, uwzględnione w momencie sprzedaży.
Z początkiem stycznia 2014 roku uchylone zostały specyficzne przepisy regulujące podstawę opodatkowania w odniesieniu do przypadków, gdy należność jest określona w naturze (obecnie art. 29 ust. 3 ustawy o VAT), a także gdy cena świadczenia nie została określona (art. 29 ust. 9 ustawy o VAT). Zmiana ta wynika z konieczności dostosowania polskich przepisów do dyrektywy oraz orzecznictwa Trybunału Sprawiedliwości UE. W świetle tych orzeczeń podstawę opodatkowania powinna stanowić zapłata faktycznie otrzymana (lub która obiektywnie powinna być otrzymana), a nie wartość oszacowana według obiektywnych kryteriów.