Żadne przepisy podatkowe nie regulują szczegółowo sposobu numerowania dowodów księgowych zaewidencjonowanych w podatkowej księdze przychodów i rozchodów.
Jedynie objaśnienia do podatkowej księgi, zawarte w załączniku nr 1 do rozporządzenia Ministra Finansów w sprawie prowadzenia podatkowej księgi przychodów i rozchodów, w ust. 2 wyjaśniają, że kolumna 1 księgi "Lp." przeznaczona jest do wpisywania kolejnego numeru zapisów do księgi i że tym samym numerem należy oznaczyć dowód stanowiący podstawę dokonania zapisu.
W praktyce każdy podatnik ustala własny system numerowania w podatkowej księdze. Istotne jest jednak to, aby pozycje były numerowane po kolei i aby numery te nie powtarzały się, tzn. nie może istnieć więcej niż jedna pozycja oznaczona tym samym numerem.
Stanowisko takie potwierdził Dyrektor Izby Skarbowej w Poznaniu, w piśmie nr ILPB1/415-676/11-2/AG, z 5 sierpnia 2011 r., gdzie możemy przeczytać:
„(…) każdy podatnik ustala własny system numerowania w podatkowej księdze. Istotne jest jednak to, aby pozycje były numerowane po kolei i aby numery te nie powtarzały się, tzn. nie może istnieć więcej niż jedna pozycja oznaczona tym samym numerem.
Wybraną numerację powinno się kontynuować przez cały rok. Ewentualnej zmiany sposobu stosowanej numeracji najlepiej dokonać wraz z nowym rokiem podatkowym (…)”.
Dowód księgowy, na podstawie którego dokonano zapisu w podatkowej księdze należy oznaczyć tym samym numerem, pod którym dowód ten wpisano do księgi. Ma to na celu ułatwienie odszukiwania i przyporządkowywania dokumentu do zapisu i odwrotnie.