W każdej działalności zdarzają się straty, by je uznać za koszty podatkowe, należy je udokumentować. Sposób udokumentowania zależy od rodzaju straty. Może to być protokół szkód, dokumenty wystawione przez ubezpieczyciela czy protokoły policyjne lub straży pożarnej.
Powstałe straty w towarach, właściwie udokumentowane, mogą być zaliczone do kosztów. Wynika to z ogólnej zasady, zgodnie z którą kosztami podatkowymi mogą być tylko takie wydatki, które wpływają na osiągnięcie przychodu lub zachowania albo zabezpieczenia źródła przychodów. Ponadto wydatek nie może znajdować się w katalogu wydatków, które nie mogą być zaliczone do kosztów uzyskania przychodu. Należy zatem przyjąć, iż kosztami uzyskania przychodów są wszelkie racjonalnie uzasadnione wydatki związane z prowadzoną działalnością, których celem jest osiągnięcie, zabezpieczenie i zachowanie źródła przychodów; przy czym przy ustalaniu kosztów uzyskania przychodu, każdy przypadek poza wyraźnie wskazanymi w ustawie wymaga indywidualnej oceny pod kątem bezpośredniego związku z przychodami i racjonalnością działania dla ociągnięcia przychodu.
Ubytki w stanie towarów nie mogą być zawinione przez podatnika, nie mogą być skutkiem nienależytej staranności w prowadzeniu gospodarki magazynowej, braku odpowiedniego nadzoru nad magazynem towarów czy innych zaniedbań. Stąd konieczność sporządzenia protokołu strat, z którego będzie jednoznacznie wynikać wartość straty oraz jej przyczyna. Jeśli niedobór towarów jest tak zwanym ubytkiem naturalnym (związanym z normalnym funkcjonowaniem przedsiębiorstwa) lub powstał w wyniku zdarzenia losowego (pożaru lub kradzieży), będzie stanowił koszt uzyskania przychodów.
Takie stanowisko możemy odnaleźć w piśmie w piśmie Naczelnika Pierwszego Urzędu Skarbowego Łódź-Górna w postanowieniu z 21 czerwca 2007 r., nr I-415/5/07, w którym czytamy:
„(...) W listopadzie 2006 r. do prowadzonego przez Panią sklepu dokonano włamania. W wyniku tego włamania skradzione zostały towary handlowe. Postępowanie w sprawie zostało umorzone. W dniu kradzieży towary nie były ubezpieczone od tego typu zdarzeń, a tym samym nie będzie wypłacone z tego tytułu żadne odszkodowanie.
(...) Strata z tytułu kradzieży towarów handlowych nie została wymieniona w zamkniętym katalogu wydatków, których nie uważa się za koszty uzyskania przychodów. Zaś przepisy art. 22 nie wymagają, aby poniesiony w celu osiągnięcia przychodu wydatek w każdym przypadku skutkował uzyskaniem lub zwiększeniem przychodu. Istotny jest zatem przymiot celowości działania, a nie jego skutek. (...) Zatem skoro okoliczność ta nie została wymieniona w przepisach art. 23 jako koszty niestanowiące uzyskania przychodów i towary zostały nabyte w celu uzyskania przychodów, to brak jest podstaw prawnych do wyłączenia wartości skradzionych towarów z kosztów uzyskania przychodów (…)”.
