Postępowanie odwoławcze jest odpłatne. W praktyce pewne kontrowersje budzi jednak nie sam fakt jego odpłatności, ale wysokość kosztów odwołania. Zgodnie z rozporządzeniem Prezesa Rady Ministrów, regulującym wysokość i sposób pobierania wpisu w postępowaniu odwoławczym, wysokość ta uzależniona jest od wartości przedmiotu zamówienia, w oparciu o kwoty wartości zamówień oraz konkursów, od których jest uzależniony obowiązek przekazywania ogłoszeń Urzędowi Oficjalnych Publikacji Wspólnot Europejskich (tzw. progi unijne).
Wysokość wpisu od odwołania wnoszonego w postępowaniu o udzielenie zamówienia publicznego na dostawy lub usługi, którego wartość jest mniejsza niż progi unijne, wynosi 7 500,00 zł, a po ich przekroczeniu 15 000,00 zł. Natomiast w przypadku postępowań o udzielenia zamówienia na roboty budowlane, kwoty te wynoszą odpowiednio 10 000,00 zł i 20 000,00 zł. Wpis należy uiścić na rachunek bankowy Urzędu Zamówień Publicznych.
Podobnie jak w postępowaniu sądowym, strona, na której niekorzyść orzekła Krajowa Izba Odwoławcza, zobowiązana jest do zwrotu kosztów postępowania drugiej stronie. Należy pamiętać jednak, iż kosztami postępowania są oprócz wpisu również koszty dojazdu na posiedzenia Izby oraz wynagrodzenie pełnomocnika, które nie może jednak przekroczyć kwoty 3 600,00 zł.
Jeżeli jednak zamawiający uwzględni zarzuty postawione w odwołaniu jeszcze przed otwarciem rozprawy, Izba zwróci odwołującemu całą kwotę wpisu. Natomiast w przypadku wycofania odwołania przez odwołującego się, Izba zwróci mu 90% wartości wpisu, jednak pod warunkiem, że do wycofania odwołania doszło przed otwarciem rozprawy. W przeciwnym wypadku Izba orzeka o zwrocie kosztów na rzecz drugiej strony.