Istnieje bardzo wiele możliwości podniesienia bezpieczeństwa korespondencji, transakcji czy umów w e-commerce. Poza popularnym certyfikatem SSL, służącym zapewnianiu bezpieczeństwa witrynom internetowym, warto wspomnieć m.in. możliwość szyfrowania i podpisywania, np. w celu zabezpieczenia poczty e-mail.
Obecnie upowszechnione są dwa sposoby kryptograficznego gwarantowania bezpieczeństwa poczty elektronicznej: S/MIME i PGP. Można je wdrożyć nabywając stosowny certyfikat u uprawnionego wystawcy. Większość popularnych programów obsługujących korespondencję e-mail jest przystosowana do szyfrowania i podpisywania wiadomości w tym standardzie. Potwierdzenie służy także popularnym podpisom elektronicznym, które są weryfikowane za pomocą certyfikatu kwalifikowanego i równoważne z podpisem własnoręcznym (dzięki czemu nadają moc prawną dokumentom i danym w formie elektronicznej).
Powyższe rozwiązania są szalenie przydatne firmom, nie tylko z branży e-commerce.
Poświadczenie czasu
Poświadczyć można także przedłożenie i odbiór elektronicznych danych od nadawcy do adresata (z wystawianiem dowodów nadania i doręczenia) – np. od firmy e-commerce do jej kontrahenta. Istnieje tzw. znacznik czasu – stosowany szczególnie w przypadku umów i rozliczeń z partnerami biznesowymi, klientami i instytucjami publicznymi. Czas, którym znakowany jest dokument, nie wynika tu z czasu systemowego (stacji roboczej lub serwera), lecz pochodzi z niezależnego źródła, jakim jest tzw. Zaufana Trzecia Strona