Podatkiem naliczonym pomniejszającym kwotę VAT należnego była do tej pory kwota podatku wskazana na fakturze dokumentującej nabycie towarów i usług. Podobnie w przypadku faktury na przedpłatę na poczet tych ww. czynności, jak również dokumentów będących podstawą rozliczenia VAT od importu towarów (dokument celny lub deklaracja importowa).
Od 1 kwietnia 2013 r. kwotę VAT naliczonego w przypadku zastosowania tzw. mechanizmu odwrotnego obciążenia stanowiła kwota zadeklarowana, jako VAT należny. Dotyczy to w szczególności lokalnej dostawy towarów, dla których podatnikiem jest nabywca, importu usług czy wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów (WNT) do Polski.
Najistotniejsze zmiany w przepisach dotyczących prawa do odliczenia VAT obowiązują w odniesieniu do momentu powstania prawa do odliczenia podatku. Dotyczy to transakcji krajowych. Skorzystanie z możliwości odliczenia VAT zależą teraz m.in. od nabycia prawa do rozporządzania towarem jak właściciel czy wykonania usługi. Przepisy te zostaną uchylone i zastąpione nową zasadą.