Dokumentowanie wydatków zaliczanych do kosztów uzyskania przychodów przebiega podobnie w podmiotach prowadzących księgę przychodów i rozchodów, jak i w podmiotach prowadzących księgi handlowe zgodnie z ustawą o rachunkowości. Księgi i rejestry powinny być prowadzone w języku polskim i w walucie polskiej.
Uznanie danego wydatku za koszt uzyskania przychodów jest możliwe tylko wtedy, gdy z prawidłowo i rzetelnie udokumentowanych zdarzeń wynika ponad wszelką wątpliwość, iż jest to wydatek celowy i racjonalnie uzasadniony. Zatem to podatnik zobowiązany jest wykazać nie tylko fakt poniesienia danego wydatku, ale także jego celowość i racjonalność. Przy ustalaniu kosztów uzyskania przychodów, nie można uznać za koszt wydatków, których charakter budzi wątpliwości.
Zaliczenie wydatku do kosztów uzyskania jest uzależnione od ich prawidłowego udokumentowania.
Podstawową dokumentację wykonania usług stanowią umowy, faktury i specyfikacje do faktur. Na podstawie swoich doświadczeń zalecam, aby w przypadku usług niematerialnych w szczególności zwrócić uwagę na przygotowanie dodatkowej dokumentacji potwierdzającej faktyczne wykonanie usług, np. raporty, memoranda, korespondencja (faksowa, mailowa), notatki i podsumowania ze spotkań i inne dokumenty mogące wskazywać rezultat wykonanych usług.