Wypłacając wynagrodzenie po ustaniu stosunku pracy,należy przyjąć następujące zasady. Koszty uzyskania stosuje się:
w wysokości przysługującej pracownikowi (od 2008 r. jest to kwota 111,25 zł lub 139,06 zł) – jeżeli stosunek pracy rozwiązał się w tym samym miesiącu, w którym następuje wypłata;
w podstawowej wysokości (111, 25 zł) – jeżeli wypłata świadczeń ze stosunku pracy odbywa się w innym miesiącu, niż nastąpiło rozwiązanie umowy o pracę.
W przypadku pracowników, którzy złożyli pracodawcy PIT-2, nie stosuje się kwoty zmniejszającej podatek (wynoszącej od 2009 r. 46,33 zł) od dnia następującego po dniu rozwiązania stosunku pracy.
Stosowanie kosztów uzyskania przychodów przy obliczaniu zaliczki na podatek dochodowy pracowników uzależnione jest od otrzymywania przychodów ze stosunku pracy, nie zaś od pozostawania w tym stosunku (art. 22 ust. 2 ustawy z 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych; dalej: ustawa o PIT). Należy więc je stosować w każdym miesiącu, w którym pracownik bądź były pracownik otrzymał jakiekolwiek należności ze stosunku pracy.