W IKE istnieje możliwość skorzystania z preferencji podatkowych w momencie wypłaty środków. Aby z nich skorzystać należy zasilać swoje konto w pięciu dowolnych latach (lub 50% środków wpłacić na 5 lat przed wypłatą) oraz mieć ukończone 60 lat (lub 55 w przypadku uzyskania wcześniejszych uprawnień emerytalnych). Prawo do ulgi podatkowej przysługuje także ewentualnym spadkobiercom lub wskazanym osobom uposażonym.
Zakończenie oszczędzania przed zakładanym terminem np. zrywając lokatę, może wiązać się z koniecznością poniesienia dodatkowych kosztów. Przy IKE jest inaczej. Opłata za wycofanie (tzw. zwrot środków) może być pobrana tylko w ciągu pierwszych 12-tu miesięcy obowiązywania umowy z daną instytucją prowadzącą konto emerytalne. Podobnie jest przy zmianie instytucji oferującą IKE.
