Podatnicy przechowują wystawione lub otrzymane faktury i ich duplikaty w podziale na okresy rozliczeniowe. Sposób przechowywania tych dokumentów musi jednak zapewniać ich łatwe odszukanie oraz ich autentyczność. Powinny one być czytelne i zapisane (przechowywane) w taki sposób, aby nie była możliwa zmiana ich treści.
Kopie faktur oraz faktury wystawione przechowujemy od momentu ich wystawienia (otrzymania), aż do upływu przedawnienia zobowiązania podatkowego. Wynika to z § 21 ust. 1 rozporządzenia ministra finansów w sprawie zwrotu podatku niektórym podatnikom, wystawiania faktur, sposobu ich przechowywania oraz listy towarów i usług, do których nie mają zastosowania zwolnienia od podatku od towarów i usług.